審計機(jī)關(guān)與工程造價咨詢企業(yè)是兩個不同行業(yè)，兩者的法律依據(jù)、法律地位、行業(yè)性質(zhì)、工作目的、業(yè)務(wù)范圍、從業(yè)人員等都不相同。
一、法律依據(jù)不同
審計機(jī)關(guān)對竣工決算審計依據(jù)《審計法》和國家審計署發(fā)布的《基本建設(shè)竣工決算審計工作要求》等相關(guān)規(guī)定，對建設(shè)項目竣工決算進(jìn)行審計，主要審查概《預(yù)》算在執(zhí)行中是否超支，超支原因，有無隱匿資金，隱瞞或截留基建收入和投資資金執(zhí)行情況等。
工程造價咨詢主要是根據(jù)《建筑法》和國家財政部、建設(shè)部聯(lián)合頒發(fā)的《建設(shè)工程價款結(jié)算暫行辦法》等國家有關(guān)法規(guī)和政策，依據(jù)國家建設(shè)行政主客部門頒發(fā)的工程定額、工程量消耗標(biāo)準(zhǔn)、取費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)以及人工、材料、機(jī)械臺班價格參數(shù)、設(shè)計圖紙和工程實物量，對工程造價進(jìn)行確定的控制。在工程項目實施階段，以承包合同為基礎(chǔ)，在竣工驗收后結(jié)合施工變更、工程簽證，由工程造價咨詢企業(yè)作業(yè)符合施工實際的竣工決算審核，作為承發(fā)包雙方結(jié)算的依據(jù)。
二、法律地位不同
審計機(jī)關(guān)和被審計單位是一種行政法律關(guān)系，審計機(jī)關(guān)對項目法人的審計是強(qiáng)制性的，審計機(jī)關(guān)對項目法人在工程建設(shè)中出現(xiàn)的違反基本建設(shè)程序、財政法規(guī)等行為，可以責(zé)令其改正或進(jìn)行處罰。
工程造價咨詢企業(yè)作為建筑市場的民事主體之一，與建設(shè)單位、施工單位一樣，有著同樣的法律地位，三者彼此之間的法律關(guān)系為典型的平權(quán)關(guān)系。在這種法律關(guān)系中，當(dāng)事人之間的法律地位平等，彼此沒有隸屬關(guān)系。工程造價咨詢企業(yè)與建設(shè)單位的關(guān)系中，其獨(dú)立的民事主體地位決定了與建設(shè)單位的關(guān)系，主要體現(xiàn)在獨(dú)立意識的表示上，雙方平等的地位使其保持獨(dú)立的法律基礎(chǔ)，而獨(dú)立是客觀公正的保證。在與施工單位的關(guān)系中，雙方平等的地位是做到客觀公正審核的基礎(chǔ)。反過來，客觀公正的審核結(jié)果是雙方平等地位的體現(xiàn)。
三、行業(yè)性質(zhì)不同
審計是由獨(dú)立的機(jī)構(gòu)和人員檢查被審計單位的會計憑證、會計帳本、會計報表以及其他與財政收支、財務(wù)收支有關(guān)資料的資產(chǎn)，監(jiān)督財政收支、財務(wù)收支是否真實、合法和有效的行為。審計的目的是對國有投資者資金進(jìn)行有效的控制，減少投資者濫用職權(quán)截留資金，轉(zhuǎn)移資金，造成建設(shè)資金流失。其職能是一種監(jiān)督行為。
工程造價咨詢是運(yùn)用科學(xué)、技術(shù)原理和經(jīng)濟(jì)法律手段，解決工程建設(shè)活動中工程造價的確定與控制，從而達(dá)到提高投資效益的目的，是控制和確定工程造價的過程和行為。工程造價咨詢企業(yè)與建設(shè)單位是委托與被委托、服務(wù)與被服務(wù)的合同關(guān)系。
四、審計的政府職能和工程造價咨詢資質(zhì)的許可
《審計法》第二十二條規(guī)定：審計機(jī)關(guān)對政府投資和以政府投資為主的建設(shè)項目的預(yù)算執(zhí)行情況和決算，進(jìn)行審計監(jiān)督?！吨腥A人民共和國審計法實施條例》第二條規(guī)定：審計是審計機(jī)關(guān)依法獨(dú)立檢查被審計單位的會計憑證、會計帳簿、會計報表以及其他與財政收支、財務(wù)收支有關(guān)的資料和資產(chǎn)，監(jiān)督財政收支、財務(wù)收支真實、合法和有效行為。
建設(shè)部于2006年2月22日頒發(fā)的第149號令《工程造價咨詢企業(yè)管理辦法》明確規(guī)定，只有依法取得工程造價咨詢資質(zhì)，方可以從事工程造價的審核工作，工程造價審核報告（或者工程預(yù)結(jié)算審核報告）必須由國家注冊造價工程師簽章，并加蓋所在工程造價咨詢機(jī)構(gòu)的公章。也就是說，工程價款結(jié)算審核必須是取得工程造價咨詢企業(yè)資質(zhì)的中介組織進(jìn)行，審核成果文件必須經(jīng)國家注冊造價工程師簽字蓋章。
五、業(yè)務(wù)范圍不同
審計部門對政府投資項目中基建審計內(nèi)容包括：
1、竣工決算編制依據(jù)；
2、項目建設(shè)及概（預(yù)）算執(zhí)行情況；
3、建設(shè)成本；
4、交付使用資產(chǎn)；
5、尾工工程；
6、結(jié)余資金；
7、基建收入；
8、投資包工結(jié)余；
9、投資效益評價。