單位的存在，直接向施工單位下達各種指令，越過監(jiān)理直接管理施工過程，然而在工程進展不順利時卻追究監(jiān)理單位的工作責任；監(jiān)理單位無法正常行使權利卻不能免責；施工單位對監(jiān)理單位的指令可置之不理。
監(jiān)理組織機構設置難度大、監(jiān)理人員力量不足地鐵工程監(jiān)理組織機構通常由總監(jiān)理工程師辦公室和駐地監(jiān)理工程師辦公室二級機構組成。為很好完成監(jiān)理工作，監(jiān)理單位需要根據(jù)施工標段劃分、工點分布、地理位置、工程專業(yè)范圍、進度要求等因素配置監(jiān)理組織機構。地鐵工程的復雜性決定了科學配置機構有很大的難度。
由于地鐵工程項目在近幾年發(fā)展很快，而相關人才的培養(yǎng)工作卻沒有得到同步發(fā)展，人才匱乏問題很突出。由于從事監(jiān)理工作薪水偏低、事業(yè)成就感不高、發(fā)展前景不夠廣闊等原因，監(jiān)理單位對人才的吸引力不強，目前有限的地鐵工程人才主要集中在施工單位和科研單位。因此從事地鐵工程監(jiān)理的監(jiān)理單位都面臨嚴重人才不足問題。
監(jiān)理人員力量不足加重監(jiān)理組織機構設置難度，同時直接導致監(jiān)理工作的不規(guī)范。監(jiān)理工作不規(guī)范合格監(jiān)理人員的匱乏以及監(jiān)理單位和監(jiān)理人員對于地鐵工程監(jiān)理經(jīng)驗的不足，使地鐵工程的監(jiān)理工作存在許多不規(guī)范的地方。作為政府投資的重點工程，建設單位對參建方的要求相對于民間投資的一般工程要規(guī)范的多，而監(jiān)理企業(yè)和監(jiān)理人員能否適應、如何適應這種規(guī)范的管理和要求卻是一個大問題。
一方面，監(jiān)理人員中有地鐵工程管理經(jīng)驗的比重偏小，這些人員很難在短時間內(nèi)全面掌握地鐵工程相關的技術規(guī)范、標準，更不能游刃有余地理解運用新技術、新設備、新工藝、新材料的技術特點，甚至不適應由建設單位倡導的地鐵工程的管理系統(tǒng)和管理方法。嚴重的連監(jiān)理單位也缺乏相關經(jīng)驗，編制不出有效的地鐵工程監(jiān)理實施細則。另一方面，監(jiān)理企業(yè)引進的有地鐵工程管理經(jīng)驗的監(jiān)理人員多來自施工單位和科研單位以及退休技術人員，這些人員對監(jiān)理工作又理解不夠，不能很好完成監(jiān)理工作。不了解監(jiān)理規(guī)范、不能按監(jiān)理規(guī)劃的指導執(zhí)行監(jiān)理工作，不知怎么做和做什么是他們的最大特點。所以重視質(zhì)量控制和進度控制，忽視投資控制、合同管理和信息管理；重視施工技術知識的學習和應用，忽視經(jīng)濟、法律、管理知識的學習和運用；重視現(xiàn)行技術規(guī)范的標準，忽視對“四新”的學習和運用；重視宏觀粗線條管理，忽視監(jiān)理工作細節(jié)，懶于深入；重視施工過程檢查，忽視施工準備階段的方案審核工作；重視現(xiàn)場工作，忽視內(nèi)業(yè)資料和信息管理分析總結(jié)工作；重視工作態(tài)度，忽視工作成效等都是監(jiān)理工作不規(guī)范的表現(xiàn)。
另外監(jiān)理手段不先進也是突出問題。在地鐵建設工程中，建設單位對監(jiān)理周報、月報、季報、年報的內(nèi)容和時效性要求很高，因此對工程監(jiān)理信息的管理要求及時準確、內(nèi)容完善。如何利用好網(wǎng)絡通信技術提高計算機信息管理層次和效率是從事大型工程項目監(jiān)理工作的一個重要課題。
施工安全隱患多，監(jiān)理人員提心吊膽作為易發(fā)生安全事故的地鐵施工，施工安全隱患是壓在每個參建人員頭上的一塊重石。防水、防火、防塌方等安全生產(chǎn)的監(jiān)督管理在地鐵施工中是監(jiān)理的重要日常工作。年起實施的《建設工程安全生產(chǎn)管理條例》中明確規(guī)定了監(jiān)理對安全事故應承擔的責任，而年發(fā)生在上海地鐵4號線和北京地鐵5號線的施工安全事故中，相關監(jiān)理單位和監(jiān)理人員都因為承擔責任而受到了處分，這些都對監(jiān)理人員構成一定的心理壓力。前文談到作為施工作業(yè)面全在地下的地鐵施工，由于各種因素，安全事故極易發(fā)生，有的甚至影響面極廣、損失極大，如上海地鐵4號線事故，由于社會公眾和媒體對地鐵的關注程度較高，有的事故則得到媒體的“特殊關照”，被大肆渲染，如北京地鐵5號線的事故。從而加大了目前正在從事地鐵工程監(jiān)理工作的監(jiān)理人員的心理壓